Réforme de la facturation électronique : quel impact sur les notes de frais ?

À partir de 2026, la réforme de la facturation électronique va transformer en profondeur la gestion des factures et des justificatifs de dépenses professionnelles en France.

Cette réforme impose aux entreprises d’émettre et recevoir leurs factures sous forme électronique via une Plateforme Agréée, dans un format structuré (Factur-X, UBL ou CII), remplaçant progressivement les factures papier ou PDF par des e-factures.

Les notes de frais sont pleinement concernées par les nouvelles exigences de conformité fiscale et de déclaration de la TVA, même si elles ne sont pas soumises à 100% à l’obligation de e-facturation.

Pour les équipes Finances, cela modifie la manière de collecter, valider et relier les justificatifs papier de notes de frais aux e-factures correspondantes.

Le traitement de la TVA est aussi impacté, avec un traitement différent en fonction de la réception ou non des e-factures attendues.

Enfin, pour les collaborateurs, cela nécessite de comprendre et de s’adapter aux nouveaux process des notes de frais.

Réforme de la facturation électronique et notes de frais : qu’est-ce qui change en septembre 2026 ?

Sur le fond, les règles fiscales restent identiques : pour récupérer la TVA, une facture au nom de l’entreprise est toujours requise dans un certain nombre de cas.

• Pour les dépenses inférieures à 150€, un simple ticket de caisse suffit
• Pour les dépenses supérieures à 150€, une facture au nom de l’entreprise est indispensable pour déduire la TVA.

Ce qui change, ce n’est pas la règle mais la forme de la facture.

Dès septembre 2026, lorsque la réglementation imposera une facture pour justifier une note de frais, il devra s’agir d’une e-facture, transmise via une Plateforme Agréée.

Exemple 1 : règlement en carte bancaire personnelle

Un collaborateur règle la location d’un véhicule utilitaire avec sa carte personnelle :

• la note de frais sera toujours nécessaire pour rembourser le collaborateur
• afin de récupérer la TVA, une facture ou une e-facture au nom de l’entreprise doit également être récupérée

Exemple 2 : repas d’affaires

Un repas d’affaires supérieur à 150 € :

• la TVA est récupérable mais nécessite une e-facture au nom de l’entreprise en justificatif
• le reçu peut être utilisé par le collaborateur pour justifier sa note de frais et son remboursement

Vous le voyez, le rôle du collaborateur évolue avec la réforme. Il va ainsi devoir :

1. Identifier les dépenses pour lesquelles une e-facture est nécessaire
2. Demander une e-facture au moment de l’achat dans ces cas-là
3. Utiliser la bonne adresse de facturation électronique pour éviter toute perte ou erreur

Demander une e-facture doit devenir un réflexe, au même titre que de demander une facture aujourd’hui.

Quels enjeux pour les entreprises ?

Du côté de l’entreprise, l’enjeu est double. D’un côté il faut veiller à collecter tous les justificatifs :

• Les notes de frais déclarées par les collaborateurs
• Les e-factures via la plateforme agréée.

De l’autre il faut s’assurer que le lien entre la note de frais et l’e-facture correspondantes soit bien réalisé.

En plus de cela, il faut se préparer à de nouvelles éventualités : si l’e-facture attendue n’est pas reçue, l’entreprise doit adapter son traitement TVA en ne la déduisant pas ou en utilisant un compte d’attente afin de pouvoir déduire la TVA une fois l’e-facture reçue.

Par exemple, les situations suivantes peuvent se présenter :

Exemple 1 : réception de l’e-facture via PA

Le collaborateur a bien fait la demande de e-facture :

• L’entreprise reçoit l’e-facture via sa PA (Plateforme Agréée)
• L’entreprise reçoit également la note de frais du collaborateur
• La charge peut être comptabilisée et la note de frais remboursée
• Les deux pièces doivent être liées pour pouvoir déduire la TVA

Exemple 2 : facture manquante

Un collaborateur fournit uniquement un ticket de caisse, alors qu’une e-facture était requise :

• La charge peut être comptabilisée
• Mais la TVA ne doit pas être déduite
• L’e-facture peut être demandée ou redemandée afin de s’ajuster.

Les processus internes sont amenés à évoluer, et vous devrez accompagner les équipes sur les changements provoqués par la réforme.

Que se passe-t-il si l’entreprise ne s’équipe pas des bons outils ?

Si votre entreprise possède bien une Plateforme Agréée, mais n’est pas équipée d’un outil de gestion de notes de frais intégré, elle peut faire face à plusieurs problématiques.

#1 – Erreurs d’adressage dès l’achat

Cela peut arriver lorsque le collaborateur demande une e-facture mais ne connaît pas l’adresse de facturation électronique dédiée aux notes de frais.

Dans ce cas, deux options :

1. L’e-facture ne peut pas être envoyée à l’entreprise
2. L’e-facture est reçue au mauvais endroit dans un flux général de factures fournisseurs

Dans un cas comme dans l’autre, cela peut engendrer une perte financière liée à l’absence de déductibilité de la TVA.

#2 – Risque de double comptabilisation

Par exemple, si l’e-facture est reçue dans une Plateforme Agréée générale, comme celle d’un ERP :

1. L’e-facture est reçue sur la PA comme toutes les autre e-factures de l’entreprise et est mise en comptabilisation
2. Le collaborateur, lui, saisit sa note de frais dans un autre outil dédié qui va comptabiliser la dépense
3. L’entreprise a un doublon car la dépense est présente deux fois, dans deux outils qui provoquent chacun sa comptabilisation.

Cela aura plusieurs impacts :

• Doublon comptable
• Charge surévaluée
• TVA potentiellement déduite à tort.

Pour éviter cette double comptabilisation il faut rapprocher la dépense de l’e-facture. Sans outil adéquat, ce rapprochement se fera manuellement et demandera une grande vigilance car l’e-facture ne contiendra pas les informations du collaborateur.

#3 – Erreurs dans la déclaration de TVA

Vous le comprenez, le rapprochement entre dépense et e-facture est un enjeu-clé de cette réforme. S’il n’est pas fait, la TVA pourrait être déduite sans justificatif valide, ou au contraire non-déduite alors qu’elle aurait pu l’être.

Le risque est donc accru pour l’entreprise, qui doit redoubler de vigilance.

Notes de frais et e-factures : règles générales

Avec la réforme de la facturation électronique, le principe général est le suivant : dès lors qu’une dépense professionnelle nécessite une facture pour permettre la récupération de la TVA, cette facture devra être une e-facture transmise via une Plateforme Agréée.

La note de frais reste indispensable pour :

• Justifier la dépense du point de vue interne (politique de frais, validation managériale, remboursement du collaborateur),
• Identifier le bénéficiaire réel de la dépense,
• Et déclencher le remboursement.

Mais sur le plan fiscal, la note de frais seule ne suffit pas dans tous les cas : pour certaines dépenses, elle doit obligatoirement être reliée à une e-facture valide afin de permettre la déduction de la TVA.

En pratique :

• Toutes les dépenses ne nécessitent pas systématiquement une e-facture,
• Mais dès que la réglementation impose une facture, celle-ci devra être électronique à partir de 2026.

Quelles sont les exceptions ?

Chaque note de frais doit-elle être associée à une e-facture ?
La réponse est non, pas systématiquement.

Si le salarié demande une e-facture, l’émetteur a l’obligation de la générer et de la transmettre. Néanmoins, il existe certaines dérogations et cas particuliers.

#1 – Péages

Les tickets de péage entrent théoriquement dans le champ d’application de la facturation électronique. Cependant, il existe aujourd’hui une tolérance administrative.

Dans les faits, ces opérations peuvent être assimilées à du B2C et feront donc l’objet non pas d’une e-facture, mais d’un e-reporting par l’émetteur.

Le ticket reste donc utilisable comme justificatif pour la note de frais.

#2 – Parkings et automates

Les tickets de parking et autres automates de paiement entrent également dans le cadre de la facturation électronique.

À terme, ces automates devront être équipés d’un dispositif permettant :

• De saisir les informations nécessaires à l’émission d’une e-facture,
• Et de l’envoyer via une Plateforme Agréée.

Dans l’intervalle, tant que ces équipements ne sont pas généralisés, ces opérations pourront temporairement être assimilées à du B2C et donc relever de l’e-reporting.

Que se passe-t-il si une note de frais est présentée sans e-facture ?

Si une note de frais est transmise avec uniquement un ticket de caisse alors qu’une e-facture était requise :

• La dépense peut être comptabilisée,
• Le collaborateur peut être remboursé,
• Mais la TVA ne doit pas être déduite.

Dans certains cas, le ticket de caisse peut être suffisant pour la déclaration de TVA, mais cela implique une régularisation de TVA, car l’administration fiscale n’aura pas connaissance de la transaction sous forme d’e-facture.

L’entreprise devra donc :

• Soit renoncer à la déduction de TVA,
• Soit demander a posteriori l’émission de l’e-facture pour régulariser la situation.

Comment se fait la réconciliation entre note de frais et e-facture reçue ?

Avec la réforme, le rapprochement entre la note de frais et l’e-facture devient un point clé du processus comptable et fiscal.

Ce rapprochement consiste à :

• Associer la dépense déclarée par le collaborateur,
• À l’e-facture reçue via la Plateforme Agréée,
• Pour sécuriser à la fois la comptabilisation et la déduction de TVA.

Avec un outil comme N2F, cette réconciliation est automatisée :

• L’e-facture est intégrée,
• La note de frais est rapprochée automatiquement,
• Le contrôle de conformité est sécurisé,
• Et le risque d’erreur ou de doublon est fortement réduit.

Sans outil adapté, ce travail devra être fait manuellement, ce qui augmente fortement les risques d’erreur et la charge de travail pour les équipes comptables.

Rappel du calendrier de la facturation électronique

La réforme de la facturation électronique va s’appliquer de manière progressive :

• 1er septembre 2026 : obligation de réception des e-factures pour toutes les entreprises et obligation d’émission pour les grandes entreprises et les ETI.
• 1er septembre 2027 : obligation d’émission des e-factures étendue aux PME, TPE et micro-entreprises.

FAQ – Facturation électronique et notes de frais