Réforme de la facturation électronique : quel impact sur les notes de frais ?

À partir de 2026, la réforme de la facturation électronique va transformer en profondeur la gestion des factures et des justificatifs de dépenses professionnelles en France.

Cette réforme impose aux entreprises d’émettre et recevoir leurs factures sous forme électronique via une Plateforme Agréée, dans un format structuré (Factur-X, UBL ou CII), remplaçant progressivement les factures papier ou PDF par des e-factures.

Les notes de frais sont pleinement concernées par les nouvelles exigences de conformité fiscale et de déclaration de la TVA.
Dès que la règlementation sur les notes de frais impose une facture, celle-ci devra être électronique à partir de septembre 2026.

Pour les équipes Finances, cela modifie la manière de collecter, valider et relier les justificatifs papier de notes de frais aux e-factures correspondantes.

Le traitement de la TVA est aussi impacté, avec un traitement différent en fonction de la réception ou non des e-factures attendues.

Enfin, pour les collaborateurs, cela nécessite de comprendre et de s’adapter aux nouveaux process des notes de frais.

Réforme de la facturation électronique et notes de frais : qu’est-ce qui change en septembre 2026 ?

Sur le fond, les règles fiscales restent identiques : pour récupérer la TVA, une facture au nom de l’entreprise est toujours requise dans un certain nombre de cas, notamment restaurant supérieur à 150€.

Ce qui change, ce n’est pas la règle mais la forme de la facture.

Dès septembre 2026, lorsque la réglementation imposera une facture pour justifier une note de frais, il devra s’agir d’une e-facture, transmise via une Plateforme Agréée.

Exemple 1 : repas d’affaires

Un repas d’affaires supérieur à 150 € :

• le reçu peut être utilisé par le collaborateur pour justifier sa note de frais et son remboursement ;
• la TVA est récupérable, mais le collaborateur doit demander au restaurateur d’envoyer une e-facture à l’entreprise afin de justifier de la dépense.

Exemple 2 : règlement en carte bancaire personnelle

Un collaborateur règle la location d’un véhicule utilitaire avec sa carte personnelle :

• pour être remboursé, le collaborateur devra présenter une note de frais avec un justificatif ;
• il devra également demander une e-facture, afin que son entreprise puisse déduire la TVA.

Vous le voyez, le rôle du collaborateur évolue avec la réforme. Il va ainsi devoir :

1. Identifier les dépenses pour lesquelles une e-facture est nécessaire
2. Demander une e-facture au moment de l’achat dans ces cas-là
3. Utiliser la bonne adresse de facturation électronique pour que la e-facture arrive dans le bon outil, et éviter toute perte ou erreur

Demander une e-facture doit devenir un réflexe, au même titre que de demander un justificatif aujourd’hui.

Quels enjeux pour les entreprises ?

Avec la réforme, le rapprochement entre la note de frais et l’e-facture devient un point clé du processus comptable et fiscal.

Ce rapprochement consiste à :

• Associer la dépense déclarée par le collaborateur,
• À l’e-facture reçue via la Plateforme Agréée,
• Pour sécuriser à la fois la comptabilisation et la déduction de TVA.

Pour les entreprises, l’enjeu est de pouvoir récupérer la TVA tout en évitant les doublons d’écritures comptables.

Il ne suffit pas de « recevoir » une e-facture : il est indispensable de rapprocher la note de frais de la e-facture correspondante.

• Pour pouvoir déduire la TVA sur une note de frais, celle-ci doit être justifiée par une e-facture, et non uniquement par un ticket de caisse. Or, ces deux éléments arrivent par des canaux différents : les entreprises doivent donc être en mesure de les rapprocher.
• À défaut de rapprochement, une entreprise peut choisir de ne pas déduire tout ou partie de la TVA, par exemple si le rapprochement est trop complexe en raison d’outils inadaptés. Elle s’expose alors à un risque de double comptabilisation : la note de frais d’un côté (sans déduction de TVA) et la e-facture de l’autre.

Par exemple, les situations suivantes peuvent se présenter :

Exemple 1 : réception de l’e-facture via PA

Le collaborateur a bien fait la demande de e-facture :

• L’entreprise reçoit l’e-facture via sa PA (Plateforme Agréée)
• L’entreprise reçoit également la note de frais du collaborateur
• La charge peut être comptabilisée et la note de frais remboursée
• Les deux pièces doivent être liées pour pouvoir déduire la TVA

Exemple 2 : facture manquante

Un collaborateur fournit uniquement un ticket de caisse, alors qu’une e-facture était requise :

• La charge peut être comptabilisée
• Mais la TVA ne doit pas être déduite
• L’e-facture peut être demandée ou redemandée afin de s’ajuster.

Les processus internes sont amenés à évoluer, et vous devrez accompagner les équipes sur les changements provoqués par la réforme.

Que se passe-t-il si l’entreprise ne s’équipe pas des bons outils ?

Si votre entreprise possède bien une Plateforme Agréée, mais n’est pas équipée d’un outil de gestion de notes de frais intégré, elle peut faire face à plusieurs problématiques.

#1 – Erreurs d’adressage dès l’achat

Cela peut arriver lorsque le collaborateur demande une e-facture mais ne connaît pas l’adresse de facturation électronique dédiée aux notes de frais.

Dans ce cas, trois situations peuvent se présenter :

1. Le salarié ne connaît pas l’adresse électronique de l’entreprise : il ne pourra donc pas lui faire parvenir la e-facture.
2. Le salarié connaît l’adresse électronique, mais se trompe en la renseignant : l’entreprise ne recevra alors pas la e-facture.
3. Le salarié connaît une adresse électronique de l’entreprise, mais pas celle dédiée aux notes de frais : dans ce cas, la e-facture arrive dans une autre boîte de réception, noyée parmi d’autres e-factures, et ne peut pas être rapprochée de la note de frais correspondante.

Quel que soit le cas, vous comprenez que cela peut engendrer une perte financière liée à l’absence de déductibilité de la TVA.

#2 – Risque de double comptabilisation

Par exemple, si l’e-facture est reçue dans une Plateforme Agréée générale, comme celle d’un ERP :

1. L’e-facture est reçue sur la PA comme toutes les autre e-factures de l’entreprise et est mise en comptabilisation
2. Le collaborateur, lui, saisit sa note de frais dans un autre outil dédié qui va comptabiliser la dépense
3. L’entreprise a un doublon car la dépense est présente deux fois, dans deux outils qui provoquent chacun sa comptabilisation.

Cela aura plusieurs impacts :

• Doublon comptable
• Charge surévaluée
• TVA potentiellement déduite à tort.

Pour éviter cette double comptabilisation il faut rapprocher la dépense de l’e-facture. Sans outil adéquat, ce rapprochement se fera manuellement et demandera une grande vigilance car l’e-facture ne contiendra pas les informations du collaborateur.

#3 – Erreurs dans la déclaration de TVA

Vous le comprenez, le rapprochement entre dépense et e-facture est un enjeu-clé de cette réforme. S’il n’est pas fait, la TVA pourrait être déduite sans justificatif valide, ou au contraire non-déduite alors qu’elle aurait pu l’être.

Dans certains cas, le ticket de caisse peut être suffisant pour la déclaration de TVA, mais cela implique une régularisation de TVA, car l’administration fiscale n’aura pas connaissance de la transaction sous forme d’e-facture.

Le risque est donc accru pour l’entreprise, qui doit redoubler de vigilance.

Les 4 critères indispensables pour le choix d’un logiciel

Afin de sécuriser la gestion de vos dépenses professionnelles et la récupération de TVA, nous vous conseillons de vous doter d’un outil doté des fonctionnalités suivantes :

• Mise à disposition de l’adresse de facturation électronique notes de frais pour les collaborateurs : directement depuis une app, facilement accessible et transmissible au commerçant.
• Liaison automatique des e-factures et dépenses : votre outil doit être capable de relier automatiquement une e-facture à la dépense correspondante. Vous évitez ainsi les doublons comptables, et sécurisez la récupération de TVA.
• Détection des e-factures manquantes : votre outil doit signaler lorsqu’une dépense devrait être rattachée à une e-facture, mais que celle-ci est manquante, afin d’assurer votre conformité.
• Ecritures comptables adaptées à chaque cas : votre outil doit pouvoir générer des écritures comptables cohérentes, adaptées au contexte de la dépense (présence ou non de la facture, récupération ou non de la TVA).

N2F vous propose un outil unique pour la gestion de vos notes de frais et factures fournisseurs :

• Rapprochement automatisé des e-factures et dépenses
• Ecritures comptables cohérentes
• Mise en conformité simple et progressive avec la réforme
• Sécurisation de la récupération de TVA.

Notes de frais et e-factures : règles générales

Avec la réforme de la facturation électronique, le principe général est le suivant : dès lors qu’une dépense professionnelle nécessite une facture pour permettre la récupération de la TVA, cette facture devra être une e-facture transmise via une Plateforme Agréée.

La note de frais reste indispensable pour :

• Justifier la dépense du point de vue interne (politique de frais, validation managériale, remboursement du collaborateur),
• Identifier le bénéficiaire réel de la dépense,
• Et déclencher le remboursement.

Mais sur le plan fiscal, la note de frais seule ne suffit pas dans tous les cas : pour certaines dépenses, elle doit obligatoirement être reliée à une e-facture valide afin de permettre la déduction de la TVA.

Quelles sont les exceptions ?

Chaque note de frais doit-elle être associée à une e-facture ?
La réponse est non, pas systématiquement.

Si le salarié demande une e-facture, l’émetteur a l’obligation de la générer et de la transmettre. Néanmoins, il existe certaines dérogations et cas particuliers.

#1 – Péages

Les tickets de péage entrent théoriquement dans le champ d’application de la facturation électronique. Cependant, il existe aujourd’hui une tolérance administrative.

Dans les faits, ces opérations peuvent être assimilées à du B2C et feront donc l’objet non pas d’une e-facture, mais d’un e-reporting par l’émetteur.

Le ticket reste donc utilisable comme justificatif pour la note de frais.

#2 – Parkings et automates

Les tickets de parking et autres automates de paiement entrent également dans le cadre de la facturation électronique.

À terme, ces automates devront être équipés d’un dispositif permettant :

• De saisir les informations nécessaires à l’émission d’une e-facture,
• Et de l’envoyer via une Plateforme Agréée.

Dans l’intervalle, tant que ces équipements ne sont pas généralisés, ces opérations pourront temporairement être assimilées à du B2C et donc relever de l’e-reporting.

Rappel du calendrier de la facturation électronique

La RFE va s’appliquer de manière progressive :

• 1er septembre 2026 : obligation de réception des e-factures pour toutes les entreprises et obligation d’émission pour les grandes entreprises et les ETI.
• 1er septembre 2027 : obligation d’émission des e-factures étendue aux PME, TPE et micro-entreprises.

FAQ – Facturation électronique et notes de frais